无机质谱仪主要用于无机元素微量分析和同位素分析等方面。分为火花源质谱仪、离子探针质谱仪、激光探针质谱仪、辉光放电质谱仪、电感耦合等离子体质谱仪。质谱仪zui重要的应用是分离同位素并测定它们的原子质量及相对丰度。测定原子质量的精度超过化学测量方法，大约2/3以上的原子的质量是用质谱方法测定的。有机质谱仪的基本工作原理是：利用一种具有分离技术的仪器，作为质谱仪的"进样器"，将有机混合物分离成纯组分进入质谱仪，充分发挥质谱仪的分析特长，微生物质谱仪，为每个组分提供分子量和分子结构信息。
质谱仪能获得和化合物相关的信息即是m/z，定性方面，一级高分辨m/z信息和同位素组成有助于锁定元素组成，二级甚至多级高分辨谱图有助于和化合物库比对，从而帮助结构确证。定性的范围可以包括代谢组学，脂质组学，天然产物分析，食品安全中的农兽残筛查，的毒物筛查，环境监测等等一系列但凡涉及到化合物鉴定的工作。
有机质谱仪基本工作原理：以电子轰击或其他的方式使被测物质离子化，形成各种质荷比（m/e）的离子，然后利用电磁学原理使离子按不同的质荷比分离并测量各种离子的强度，从而确定被测物质的分子量和结构。由于化合物有着像指纹一样的质谱，质谱仪在工业生产中也得到广泛应用。质谱仪又称质谱计。分离和检测不同同位素的仪器。即根据带电粒子在电磁场中能够偏转的原理，按物质原子、分子或分子碎片的质量差异进行分离和检测物质组成的一类仪器。
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